药学院现拥有药学一级学科博士学位授权点和一级学科硕士学位授权点(覆盖药理学、药物化学、药剂学、微生物与生化药学、药物分析、生药学等全部二级学科)，拥有药学硕士专业学位授权点和工程硕士（制药工程领域）专业学位授权点。药学学科为特种医学和血液转化药学两个江苏高校优势学科的主要依托学科，2012年获批设立“药学”博士后科研流动站,2013年获批江苏省药学学科综合训练中心。2014年5月药理学与毒理学(Pharmacology & Toxicology)首次跻身ESI全球排名前1%。
| 学科名称 | 类别 | 批准时间 |
| 药学 | 一级学科硕士学位授权点 | 2006年1月 |
| 药学 | 一级学科博士学位授权点 | 2011年3月 |
| 药学 | 硕士专业学位授权点 | 2010年9月 |
| 制药工程 | 硕士专业学位授权点 | 2010年9月 |
| 药学 | 江苏高校优势学科 | 2011年10月 |
| 药学 | 博士后科研流动站 | 2012年8月 |